Države članice EU lahko na podlagi direktive o DDV po posvetovanju z odborom za DDV sprejmejo določbe v zvezi z oprostitvijo DDV za transakcije, povezane z davčnimi skladišči (nekatere uporabljajo tudi izraz fiskalna skladišča).

Davčna skladišča so bila v Sloveniji uvedena šele tri leta po pristopu k EU, z njimi pa je zakonodajalec želel izenačiti obravnavo unijskega in neunijskega blaga, ki je namenjeno vnosu v skladišče. Davčni zavezanci lahko od 13. junija 20071 uveljavljajo oprostitev DDV pri vnosu unijskega blaga v davčno skladišče. Oprostitev je predpisana tudi za storitve, povezane z vnosom blaga v davčno skladišče, in za storitve, opravljene na blagu v davčnem skladišču, ter za preprodajo blaga znotraj davčnega skladišča.

Že od uvedbe DDV v Sloveniji so plačila tega davka oproščeni dobave blaga v prosto cono in carinsko skladišče ter opravljanje storitev na tem blagu, vendar le, dokler je